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磺化Cy3是Cy3的水溶型。它的光谱性质和Cy3类似，在荧光显微镜下发橘黄色荧光。它的荧光很亮，并且对pH不敏感，一般可以用530nm～561nm的激光束激发然后用TRITC的滤片观察，所以在绝大部分荧光仪器上都可以使用。标记后，样品背景荧光一般认为比TAMRA等系列的染料低。磺化Cy3可以用来标记蛋白，抗体，多肽，核酸等各种生物分子。

NHS活化酯（N-羟基琥珀酰亚胺酯，N-hydroxysuccinimide ester，succinimidyl ester）是生物标记反应中最常用的活化基团。它活化磺化Cy3分子中的羧基，让它可以和目标生物分子上的胺基（伯胺或者仲胺）反应生成稳定的酰胺键，从而把染料分子标记到生物大分子上。由于游离胺基是蛋白，抗体，多肽表面的常见官能团（来自于赖胺酸侧链），磺化Cy3-NHS可以和它们直接反应。核酸分子中天然不带游离胺基，只有胺基修饰过的RNA或者DNA才可以和磺化Cy3-NHS反应。

磺化Cy3-NHS活化酯的水溶性极高，所以在标记反应中不需要使用有机共溶剂，特别适合标记蛋白等对有机溶剂敏感的生物分子。另外磺化Cy3水溶性极好，并且染料分子本身带电荷，标记到蛋白表面后不会引发疏水性蛋白聚集，提高荧光标记产物的稳定性。磺化Cy3-NHS也溶于甲醇，DMSO，DMF等有机溶剂，标记反应也可以在纯有机溶剂中进行

磺化Cy3-NHS标记后的产物Ex/Em是550/566nm。和它具有相似荧光特性的染料包括TAMRA，Alexa Fluor 555，DyLight 550，BODIPY TMR-X等。

外观	红色固体
CAS号	1424150-38-8
分子式	C34H38KN3O10S2
分子量	751.91
结构式
光谱特性	Ex/Em＝550/566nm (PBS缓冲液)
量子产率	0.1
消光系数	162000L·mol-1·cm-1
溶解性	易溶于甲醇，DMF等有机溶剂，易溶于水
保存条件	避光，干燥，-20℃保存

• Sulfo-Cy3 NHS活化酯固体可在-20℃保存一年，溶解后（无论水溶液还是无水有机溶剂）应尽快使用，不建议长期保存。
  
• NHS ester基团对湿度比较敏感，务必干燥保存产品。使用前产品需放到室温回温至少20分钟。
  
• 使用不含氨基的缓冲体系。比如磷酸钠缓冲液（PBS），Hepes缓冲液，碳酸氢钠缓冲液；或硼酸缓冲液等。不要使用任何含伯胺或仲胺的缓冲液，比如Tris，甘氨酸等。高浓度咪唑(imidazole)也会影响反应。
  
• 标记反应不要放在强光下，因为大部分荧光化合物在强光下长时间照射会缓慢光漂泊。